上海无创胎儿亲子鉴定理论上怀孕5周及以上即可进行。但从准确性角度考虑，最佳时间是怀孕12周至22周+6天。具体原因如下：
胎儿游离DNA浓度稳定：怀孕12周前，母体外周血中胎儿游离DNA含量相对较低，可能会影响检测结果的准确性。而12周后，胎儿游离DNA浓度逐渐升高并达到稳定水平，含量通常能达到10%以上，足以保证检测的可靠性，能最大程度减少假阳性或假阴性结果的出现。
为后续诊断留出时间：若无创胎儿亲子鉴定结果提示高风险，需要进一步进行羊水穿刺等有创检查来确诊。在12周至22周+6天这个时间段进行检测，若结果异常，孕妇仍有较为充足的时间进行后续检查和处理，不会因孕周过大而面临更多风险，也能让孕妇和家属有足够时间考虑处理方案。
